Флаг
Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 воспроизводящее композицию герба с заменой геральдических золота, серебра и червлени соответственно желтым, белым и красным цветами.
Флаг разработан на основе герба и повторяет его символику.
Геральдические фигуры - цикламоры и шар, уложенные в композицию, напоминающую знак атома, символизируют научно-исследовательские институты, ведущие разработки в области ядерной физики, одним из которых является градообразующее предприятие Росатома АО «ГНЦ РФ ТРИНИТИ». Научно-исследовательские институты являются основой становления Троицка как наукограда.
Изображение кивера напоминает о подвиге российских солдат и событиях Отечественной войны 1812 года, происходивших на территории современного муниципального образования.
Белая волнистая полоса отражает реку Десну – главную водную артерию городского округа.
Символику флага дополняют использованные цвета, имеющие свои традиционные значения:
Желтый цвет (золото) – символ интеллекта, уважения, стабильности.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зелёный цвет – символ жизни, возрождения и роста, в муниципальной геральдике часто отражает природные богатства местности и сельское хозяйство.
Красный цвет – символ красоты и великодушия, мужества и смелости.